No cultivo

Uma das principais vantagens de peixe é que as células não precisam de ser cultivados para a realização da análise, ao contrário de outros tipos de testes que requerem as células cultivadas. Como resultado, usando FISH é relativamente eficiente e para executar testes nos cromossomos sem complicações.

Resultados rápidos

Outra vantagem é o período relativamente curto de tempo necessário para se obter resultados. Porque FISH não requer as células a crescer, o tempo requerido para analisar os cromossomas é reduzido substancialmente. Este é superior ao cariótipo tradicional, tal como a cultura de células para cariótipo pode levar até duas semanas. Resultados de FISH pode geralmente ser obtido dentro de três ou quatro dias de ser enviado para um laboratório. Embora este não fornece informações detalhadas sobre todos os cromossomos de um cariótipo, ainda diz quantos cromossomos estão presentes.

Versatilidade 

O processo de hibridação in situ fluorescente é também benéfico para a versatilidade que oferece. Estudando cromossomas por outros meios normalmente requer que as células se dividem, enquanto que o peixe não. Além disso, a FISH exige nenhuma célula para ser vivo, que a maior parte dos outros métodos exigem.

Altamente sensível

A capacidade de hibridação fluorescente in situ para detectar sequências específicas de ácido nucleico é também vantajosa. Por sua vez, este processo é muitas vezes preferido para os métodos mais tradicionais de idade, que são menos sensíveis.