Morfologia comparada

O primeiro uso da taxonomia é a organização hierárquica de plantas e animais. Carl Linnaeus primeiro desenvolveu um sistema de categorização de plantas e de vida animal, com a publicação do Systema Naturae, no século 18. As gerações subseqüentes de biólogos refinado esta técnica ao longo do século 19, com phenemics, que compara a morfologia dos animais. Morfologia comparada assume nenhuma característica visível ou facilmente observável de um animal e usa as semelhanças e diferenças entre essas características para inferir ancestralidade comum (ou falta dela) de diferentes organismos. Esta técnica é ainda usado para a integração de estudos genéticos, especialmente, quando esses dados não estão disponíveis. Por exemplo, os paleontólogos podem facilmente distinguir entre os diferentes grupos de trilobites extintos de acordo com o seu tamanho, o número de segmentos, e a forma da cabeça e olhos.

Taxonomia bioquímica

Desde 1980, tornou-se possível sequenciar longas extensões de DNA de um animal. Comparando homologia (semelhanças) dentro de grandes extensões de DNA, os biólogos podem determinar as proporções relativas dos diversos animais, ao mesmo tempo. As semelhanças na estrutura da proteína e da sequência também são utilizados para deduzir uma homologia (similaridade). Os cientistas determinar como bioquimicamente organismos semelhantes são diferentes e construir árvores genealógicas com base nessas semelhanças. A semelhança dessas árvores com árvores fenéticos genéticos criados por gerações anteriores de cientistas é uma poderosa evidência para a teoria da evolução. Além disso, estas semelhanças bioquímicas são consistentes dentro de extensões de sequências de ADN, proteína, ou o arranjo dos genes no genoma de um organismo.

As taxonomias não científica 

Qualquer fenômeno que expressa a diversidade e herança é potencialmente classificáveis ​​como taxonomia. Por exemplo, os lingüistas utilizam técnicas matemáticas, tais como análise de componentes principais para comparar a estrutura gramatical e fonemas de diferentes linguagens para a construção de árvores de linguagem. Espanhol, Português, Francês e Italiano são todas as línguas "Romance" derivado do latim. Idiomas português e espanhol são ambos língua românica Ibérica derivado de um ancestral comum. Technologies também pode ser explorado taxonomicamente. Por exemplo, a nova geração de tecnologia da informação são baseadas em tecnologias de núcleo semelhantes, mas diferentes dispositivos divergem e se especializam na hora de lidar com os problemas em computadores mais eficazes e eficientes. A maioria dos computadores pessoais são construídos em uma arquitetura de chips x86. Estas fichas são dados nomes taxonómicos de acordo com o fabricante, o tamanho do transistor, e velocidade.

Taxonomia computacional

Mesmo com técnicas bioquímicas modernas, árvores taxonômicas são rústica, sem complexos modelos matemáticos para confirmar e calcular a confiança para diferentes arranjos de alguns itens relacionados relacionais "árvore genealógica". Estes sistemas utilizam modelos computacionais avançados, como árvores bayesianos e florestas aleatórias para calcular a adequação relativa de diferentes árvores relacionais. O modelo de floresta aleatória tem sido particularmente eficaz no cálculo desses índices. Nesta técnica, muitas ramificações "árvores" individuais usando uma ou mais medidas de comparação são gerados aleatoriamente. Estas árvores individuais são então comparadas em massa. A árvore com a maior mistura relacional de simplicidade e poder de previsão é emitido a partir deste modelo. Estas técnicas de computação avançada pode efetivamente calcular árvores taxonômicas utilizando amostras de pequenas dimensões, com muitos traços mensuráveis.